加强药品流通行业管理有两个目标：一是配合国家基本药物制度，建立覆盖城乡的药品流通网络，让老百姓吃上方便药和安全药；二是要通过加强规划和政策引导，促进医药流通行业持续健康发展。流通行业的管理调整，反映了新时期药品流通行业管理的重要性，是改变以往重监督管理、轻规划发展的重要体制性安排。可以说，药品流通行业管理做得好坏关系到医改、基本药物制度实施的成效。
为了引导行业持续健康发展，商务部深入基层调研，与相关行业协会、部分批发零售企业反复沟通，终于为在深化医药卫生体制改革背景下的药品流通行业初步理出了未来发展的路径图：
      一是要尽快制定“十二五”全国药品流通行业发展5年规划纲要。建成高效率、低成本、符合国情特点的药品流通供应保障体系。
      二是要逐步建立行业标准体系和管理制度，提高行业整体素质。围绕行业发展目标，抓紧提出药品流通标准目录体系，制定出台《药品现代物流企业标准》等行业标准。
      三是要研究提出促进行业发展的政策措施，提高药品流通保障能力。充分发挥现有流通网络资源的作用，结合“万村千乡市场工程”实施“放心药下乡工程”，有效利用市场机制和其他多种手段，完善县级以下药品流通网络，确保农村地区和边远地区的药品供应。同时还要加大对行业和企业发展的指导力度，大力发展现代物流和连锁经营等先进经营模式。指导规模较大、有一定实力的药品批发和零售企业发展现代物流和连锁经营。鼓励企业自发兼并重组，消除妨碍公平竞争的体制机制，实现药品流通企业的优胜劣汰，不断提高行业集中度。